【完全ガイド】確定申告で医療費控除を申請する方法は?対象経費や期限を解説

リリース日:2026/08/05 更新日:2026/08/05
矢野翔一
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矢野翔一

※本著者は楽天カード株式会社の委託を受け、本コンテンツを作成しております。

関西学院大学法学部法律学科卒業。有限会社アローフィールド代表取締役社長。保有資格:2級ファイナンシャルプランニング技能士(AFP)、宅地建物取引士、管理業務主任者。

不動産賃貸業、学習塾経営に携わりながら自身の経験・知識を活かし金融関係、不動産全般(不動産売買・不動産投資)などの記事執筆や監修に携わる。

年間の医療費負担が一定額を超えた場合、確定申告を行うことで所得税の還付を受けられる可能性があります。

初めて申請を行う場合、必要書類の種類や具体的な手順を事前に知っておきたい人も多いでしょう。

事前準備や対象となる経費の範囲を正しく把握しておくと、手続きの流れを理解しやすくなります。

ここでは、医療費控除の確定申告のやり方、対象となる経費や申請期限を紹介します。

この記事でわかること!
  • 医療費控除の対象となる経費と申請基準
  • スマホで完結する確定申告の手順とメリット
  • 医療費控除の計算式と還付金を受け取る仕組み
  • クレジットカードで医療費を支払うメリットと注意点

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  1. 医療費控除の確定申告に必要な書類と事前準備
  2. 【実践編】医療費控除の確定申告のやり方・提出フロー
  3. 医療費控除の対象になるもの・ならないものの判断基準
  4. 生計を一にする家族の分を合算する条件とメリット
  5. いくら戻る?医療費控除の計算方法と還付金の仕組み
  6. クレジットカードで医療費を支払うメリットと注意点
  7. まとめ

医療費控除の確定申告に必要な書類と事前準備

医療費控除とは、1年間に支払った自己負担の医療費が一定額を超えた場合に、所得控除を受けることで税金の負担を軽減できる制度です。

 

確定申告を不備なくスムーズに進めるには、事前の書類整理が欠かせません。

 

申告直前に慌てないように、必要なものを確認して準備を整えましょう。

「医療費控除の明細書」を作成するための準備

医療費控除を受けるには、支払った医療費の内容をまとめた医療費控除の明細書の作成が必要です。

 

過去には領収書の提出が必須でしたが、現在は不要です

 

その代わりに、この明細書を提出しなくてはなりません。

 

ただし、税務署から提示を求められる場合に備えて、申告期限から5年間は保管しておきましょう。

 

医療費控除の準備は、まず1月1日から12月31日までの領収書を「通院した人ごと」「病院・薬局ごと」に分類することから始めます。

 

後半で詳しく説明しますが、生計を一にする家族全員分を合算して申告できるため、それぞれの領収書を漏れなく集めるのがポイントです。

 

また、健康保険組合などから届く「医療費通知(医療費のお知らせ)」があれば、確定申告の明細書への記入を大幅に簡略化できます。

 

申告をスムーズに進めるためにも、あらかじめ手元に用意しておきましょう。

源泉徴収票とマイナンバーカードなど本人確認書類

申告では、自身の収入金額や源泉徴収税額を確認するために源泉徴収票が必要です。

 

勤務先が発行した最新の源泉徴収票を手元に用意しましょう。

 

現在は、源泉徴収票は確定申告書への添付または提示が不要です。

 

ただし、確定申告書を作成する場合は、源泉徴収票の記載内容が必要なので、会社員の人は12月から1月頃に配布される書類を確認しておきましょう。

 

本人確認書類としては、マイナンバーカードが必要です。

 

マイナンバーカードを保有していない場合は、通知カードやマイナンバー記載の住民票の写しに加え、運転免許証などの本人確認書類を別途準備しておきましょう。

本人確認書類について

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【実践編】医療費控除の確定申告のやり方・提出フロー

事前準備が整ったら、次は実際の申告作業に入ります。

 

近年はデジタル化が進み、自宅でも手軽に申請できる環境が整っています。

スマホで申告(e-Tax)する場合の手順とメリット

おすすめなのがスマートフォンの「確定申告書等作成コーナー」を利用したe-Taxによる申告です。

 

マイナンバーカードを読み取るだけで、税務署に行くことなく24時間いつでも(※)自宅から申告できます。

 

※利用できる時間帯はe-Taxの稼働時間やメンテナンス状況により異なる場合があります。

 

具体的な手順は以下のとおりです。

  1. 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスする
  2. 申告する年分を選択し、医療費控除の項目に進む
  3. マイナンバーカードをスマートフォンで読み取り、ログインする
  4. 源泉徴収票をカメラで撮影して自動入力、または数値を手入力する
  5. 医療費控除の明細書の内容を入力する
  6. 還付金の振込先口座情報を入力し、送信する

スマートフォンで申告すると、金額が自動計算され、添付書類の提出が省略できるメリットがあります。

 

審査状況によって異なりますが、e-Taxは、書面提出に比べて還付までの期間が短くなることが多いです。

パソコンで作成・印刷して郵送する場合の流れ

パソコンで申告書を作成し、印刷して郵送する方法もあります。

 

具体的な手順は以下のとおりです。

  1. 国税庁のサイトで入力
  2. PDF形式で出力された申告書をプリンターで印刷
  3. 印刷した書類にマイナンバーを記載
  4. 宛先の税務署を確認し申告期限内に送付

なお、領収書の原本は同封せず、作成した医療費控除の明細書を同封することを忘れないように注意してください。

税務署の窓口で相談・提出する場合の持ち物

手続きが初めてで職員に相談しながら進めたいという場合は、管轄の税務署へ足を運ぶのもひとつの手段です。

 

ただし、確定申告期間中の税務署は混雑するため、事前の相談予約や入場整理券が必要になる場合があります。

 

窓口へ行く場合の、主な持ち物は以下のとおりです。

  • 源泉徴収票
  • 医療費控除の明細書
  • マイナンバーカード(または通知カード+身分証明書)
  • 還付金の振込先がわかる通帳やキャッシュカード
  • 印鑑

窓口での提出はその場で不備を確認してもらえる安心感がありますが、待ち時間が長くなる可能性があります。




医療費控除の対象になるもの・ならないものの判断基準

医療費控除の対象となる費用は、医師による診療や治療のために直接必要な費用であるかどうかが基準となります。

治療費・医薬品・交通費など認められる費用の具体例

医療費控除の対象となる費用

対象となる主な費用は以下のとおりです。

  • 治療費・入院費:医師による診療、歯科医師による治療、入院費(食事代を含む)。
  • 医師の処方に基づく医薬品:治療のために購入した市販薬(風邪薬や鎮痛剤など)。
  • 交通費:通院に必要な電車代やバス代(タクシーは緊急時や歩行困難な場合のみ対象)。
  • そのほか:治療に必要な義歯、補聴器、松葉杖など。

特に通院の交通費は領収書が出ないことも多いため、家計簿などに日付・経路・金額を細かく記録しておくことが大切です。

予防接種・健康診断・美容目的など対象外となるケース

医療費控除の対象外となる費用

一方で、以下のような病気の予防や美容・健康増進などを目的とした費用については原則対象外です。

  • 予防接種:インフルエンザなどのワクチン接種代
  • 健康診断・人間ドック:特段の異常が見つからなかった場合の受診料
  • 美容目的:美容整形や見た目を整えるための歯列矯正
  • サプリメント・健康食品:疲労回復や健康維持のために購入したもの
  • 自己都合の入院費用:個室を利用した際の差額ベッド代など

ただし、健康診断で重大な疾患が見つかり、そのまま治療に移行した場合はその診断料も控除対象に含められる可能性があります。

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生計を一にする家族の分を合算する条件とメリット

医療費控除は、自分自身の分だけでなく、自分と生計を一にする配偶者や親族などの分もまとめて申告できます

 

同居は必須ではなく、仕送りなどで生活を支えている別居の親や学生の一人暮らしの子供の分も合算可能です。

 

一般的に、所得税率が高い人が申告すると還付額が大きくなる場合があるため、合算するメリットのひとつといえます。

いくら戻る?医療費控除の計算方法と還付金の仕組み

医療費控除をすることによって支払った医療費が全額戻ってくると誤解されがちですが、実際は所得から一定額を差し引くことで、払いすぎた税金が戻る仕組みです。

10万円以下でも対象?控除額の計算式と所得要件

医療費控除額の基本的な計算式は以下のとおりです。

医療費控除額 = (実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補填された金額) − 10万円

ここで注意が必要なのが、10万円という基準です。

 

その年における総所得金額などが200万円未満の人の場合、10万円ではなく総所得金額などの5%の金額を差し引くことになります。

 

例えば、所得が150万円の人が7万5,000円を超える医療費を支払っていれば控除の対象です。

 

還付される金額は、この計算で出た控除額に、自分の所得税率を掛けた金額となります。

 

控除額が20万円で所得税率が10%の場合、2万円が還付されます。

住宅ローン控除やふるさと納税との併用ルール

医療費控除は、住宅ローン控除やふるさと納税などと併用することが可能です。

 

ただし、ふるさと納税をワンストップ特例制度で申請しているケースでは注意が必要で、医療費控除のために確定申告を行うとワンストップ特例が無効になってしまいます。

 

併用する場合には、確定申告書の中に医療費控除と寄付金控除(ふるさと納税)の両方を記入しなければなりません。

 

せっかくの寄付金控除が反映されない事態を防ぐためにも、必ずセットで申告しましょう。

確定申告の期限と還付金が振り込まれる時期

確定申告の期間は、原則毎年2月16日から3月15日までです。

 

還付申告だけであれば、1月からでも提出が可能で、5年前まで遡って申告することもできます。

 

還付金が振り込まれる時期は申告方法によって異なります。

  • e-Tax(電子申告)の場合:送信から2週間~3週間程度
  • 書面で提出した場合:1カ月~1カ月半程度

還付金は指定した金融機関の口座に直接振り込まれます。申告書の控えなどは大切に保管しておきましょう。

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クレジットカードで医療費を支払うメリットと注意点

最近は、多くの病院や薬局などでカード払いが可能になっています。医療費の支払いにクレジットカードを活用することで家計管理をより効率化できます。

ポイント還元と利用明細による支出管理の効率化

医療費をクレジットカードで支払うと、支払金額に応じたポイント還元が受けられます

 

手術や入院などで高額な支払いが発生する場合、現金払いでは得られないポイントが進呈されます。

 

貯まったポイント(※)を、日々のお支払いに利用ができるためお得といえるでしょう。

 

また、カードの利用明細を確認することで、いつ、どこで、いくら医療費を支払ったかが一目で把握でき、管理がしやすくなります

 

※「ポイントで支払いサービス」にご利用いただけるポイント種別は、通常ポイントのみになります。

 

クレジットカードの利用明細については「クレカ利用明細の確認タイミングと確認方法ガイド」の記事をチェック!

年末の支払いは注意!控除対象となる「支払日」の考え方

医療費控除の対象となるのは、その年の12月31日までに支払った費用です。

 

クレジットカードを利用した場合の医療費控除における支払いとは、病院の窓口でカード払いを行った日を指します。

 

カード会社からの引落日が翌年であっても、年内に窓口で決済が完了していれば、その年の医療費控除の対象として含めることが可能です。

 

一方、12月末に治療を受けて年明けにカード払いをした場合は、翌年分の控除対象となります。

 

年末の通院時は、決済日を意識しておくと良いでしょう。

分割払いやリボ払いをした場合の控除額の扱い

高額な医療費を分割払いやリボ払いで決済した場合でも、医療費控除の対象となります。

 

ただし、控除できるのは、手数料を除いた治療費そのものの金額です。

 

分割払い手数料やリボ払い手数料は、治療のための費用ではなく、金融サービスに対する対価なので医療費控除の対象には含まれません


申告時には、カードの利用明細などから手数料を除いた金額のみを合算するように注意しましょう。

まとめ

医療費控除は、適切な知識を持って準備を進めることによって、家計の負担を軽減できる制度です。

 

初めての人でも、まずは領収書の整理から始め、便利なe-Taxを活用すれば、スムーズに還付手続きを完了させることができます。

 

医療費が高額になりそうな場合は、クレジットカードで支払うと、ポイントを貯めながら支出管理も効率化できます。

医療費の支払いで賢くポイントを貯めるなら楽天カードがおすすめです。

 

病院や薬局で楽天カードを利用すれば、楽天ポイントが貯まります(※)。

 

さらに、楽天e-NAVI楽天カードアプリから決済内容をいつでも確認できるため、確定申告に向けた支出管理も手間なく行えるでしょう。

 

まだ保有していない人は、ぜひ楽天カードのお申込みをご検討ください。

 

※一部店舗ではクレジットカードをご利用いただけない場合がございます。

 

利用可否については店舗へご確認ください。

 

※この記事は2026年5月時点の情報をもとに作成しております。

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このテーマに関する気になるポイント!

  • セルフメディケーション税制は医療費控除と併用できますか?

    セルフメディケーション税制とは、特定のスイッチOTC医薬品の購入額が年間で 12,000円を超える場合に受けられる所得控除の特例ですが、通常の医療費控除と併用はできません。

  • インプラントは医療費控除の対象に含まれますか?

    インプラントとは、失った歯を補うために顎の骨に人工歯根を埋め込む自費診療ですが、治療目的のインプラントは医療費控除の対象となります。ただし、見た目を整えることだけを目的とした審美的な歯科矯正などは対象外となるため、治療目的であることを確認してください。

  • 額控除とは医療費控除とどのような違いがありますか?

    税額控除とは、算出された税額から直接金額を差し引く仕組みであり、所得から差し引く医療費控除(所得控除)とは計算の段階が異なります。医療費控除は所得税率を掛ける前の「所得」を減らすため、適用後の所得に応じた税率で還付額が決まります。




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